เป็นปูชนียสถานสำคัญที่เป็นสัญลักษณ์ของจังหวัดสมุทรปราการ กรมศิลปากรได้ประกาศขึ้นทะเบียนเป็นโบราณสถานแห่งชาติ เมื่อวันที่ 8 มีนาคม 2478พระสมุทรเจดีย์เริ่มสร้างในสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย
พระสมุทรเจดีย์ เป็นปูชนียสถานสำคัญที่เป็นสัญลักษณ์ของจังหวัดสมุทรปราการ กรมศิลปากรได้ประกาศขึ้นทะเบียนเป็นโบราณสถานแห่งชาติ เมื่อวันที่ 8 มีนาคม 2478พระสมุทรเจดีย์เริ่มสร้างในสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย แล้วเสร็จในสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว และพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวได้ทรงให้มีการบูรณะให้เป็นพระเจดีย์แบบลอมฟางและอัญเชิญพระบรมสารีริกธาตุ 12 องค์ จากพระบรมมหาราชวังมาบรรจุไว้ตามโบราณราชประเพณีและทรงโปรดเกล้าให้มีการสมโภชน์เป็นการใหญ่ รวม 9 วัน 9 คืนจนเป็นประเพณีทุกปีมาจนถึงปัจจุบัน
ประวัติการสร้างองค์พระสมุทรเจดีย์ ปลายรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลก(รัชกาลที่ 1) เจ้าเมืองญวนชื่อ อาต๋ากง ได้เร่งทำการขุดคลองจากทะเลสาบเขมร ออกไปถึงเมืองบันทายมาศใกล้เขตชายแดนไทย เข้ามาเรื่อยๆ พอเริ่มเปลี่ยนรัชกาลช่วงแผ่นดินสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย(รัชกาลที่2) แห่งกรุงรัตนโกสินทร์ พระองค์จึงทรงมีพระราชดำริว่ากองทัพญวนอาจจะใช้เส้นทางคลองขุดใหม่นี้ ยกทัพมารุกรานไทยได้ จึงทรงเห็นว่าเราควรที่จะสถาปนาเมืองสมุทรปราการขึ้นใหม่ ให้มีป้อมปราการอย่างแข็งแรงสำหรับป้องกันศัตรู ครั้งหลังจากทรงสร้างเมืองสมุทรปราการเสร็จแล้ว จึงโปรดเกล้าให้มีการสร้างศาสนสถานขึ้นเพื่อเป็นเครื่องระลึกถึงพระราชกรณียกิจดังกล่าวนี้ขึ้นให้ปรากฏเป็นเกียรติยศต่อไป
การสร้างพระสมุทรเจดีย์ เริ่มต้นเมื่อครั้งพระองค์ ได้ทอดพระเนตรเห็น เกาะหาดทราย อยู่บริเวณห่างจากเกาะที่เป็นที่ตั้งป้อมผีเสื้อสมุทร ที่กำลังก่อสร้างเล็กน้อย จึงโปรดให้กรมหมื่นเจษฎาบดินทร์ กับพระยาคลัง(ดิศ) เป็นผู้อำนวยการ ก่อสร้าง ทรงพระราชทานนามว่า “พระสมุทรเจดีย์” เพื่อให้เป็นคู่บารมีกับเมืองสมุทรปราการ แต่งยังไม่ทันทอดพระเนตรองค์พระสมุทรเจดีย์สมพระราชหฤทัยพระผู้ดำริสร้าง องค์พระสมุทรเจดีย์ก็มาเสด็จสวรรคตเสียก่อนในปี พ.ศ. 2367
กรมหมื่นเจษฏาบดินทร์ เมื่อได้ทรงขึ้นครองราชย์พระนามว่า พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว จึงโปรดเกล้าให้สร้างพระสมุทรเจดีย์ต่อไปจนแล้วเสร็จ เมื่อวันพุธที่ 28 พฤษภาคม พ.ศ.2371 รวมเวลาก่อสร้าง 7 เดือน 4 วัน สิ้นพระราชทรัพย์ 133 ชั่งเศษ โปรดเกล้าอัญเชิญพระบรมสารีริกธาตุ โดยขบวนเรือแห่จากพระบรมมหาราชวังจนในสมัยรัชกาลที่ 4 ทรงมีพระประสงค์ให้เรือของชาวต่างชาติที่จะเข้ามาในสยามประเทศได้เห็นพระสมุทรเจดีย์แต่ไกล และเพื่อให้ชาวต่างชาติ ได้ประจักว่ากำลังเข้าสู่อาณาเขตแห่งพระพุทธศาสนา จึงโปรดให้ช่างไปถ่ายแบบลอมฟางมาจากกรุงศรีอยุทธยาแล้วนำมาสวมทับองค์เดิมจนมีความสูงถึง 19 วา
นอกจากนี้ยังทรงโปรดให้สร้างศาลาเก๋งจีน หอเทียน หอระฆัง พระวิหาร พระพุทธรูปปางห้ามสมุทร หลักผูกเรือริมแม่น้ำรอบองค์พระสมุทรเจดีย์ พร้อมอัญเชิญพระบรมสารีริกธาตุ 12 องค์ จากพระบรมมหาราชวังมาบรรจุแทนองค์เก่าที่ถูกคนร้ายขโมยไปในสมัยรัชกาลที่ 3 มาถึงในรัชกาลพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 5 ได้ทรงดำริให้มีการบูรณะครั้งใหญ่ โปรดเกล้าให้รื้อถอนวิหารน้อยสองหลัง นื่องจากทรุดโทรมมากและโปรดให้สร้างศาลาโถง 5 ห้องทรงยุโรปโค้งมน เพื่อเป็นสถานที่ประกอบกิจกรรมต่างๆ จนเกิดพระสมุทรเจดีย์กลางน้ำที่สมบูรณ์ ดังที่เราเคยได้รับฟังมาแต่โบราณ จนชาวบ้านทั้งสองฝั่งปากแม่น้ำเจ้าพระยา เรียกกันติดปากว่า “พระเจดีย์กลางน้ำ” มาบรรจุไว้ในองค์พระสมุทรเจดีย์และได้จัดงานสมโภชในครั้งนั้น 5 วัน 5 คืน ต่อมาได้มีโจรแอบปีนขึ้นไปเจาะองค์พระสมุทรเจดีย์ขโมยพระบรมสารีริกธาตุไป ปัจจุบันมีงานสมโภชองค์พระสมุทรเจดีย์ โดยกำหนดให้ตรงกับวันแรม 5 ค่ำเดือน 11 ของทุกปีเป็นวันเริ่มงาน มีการสมโภชกันนานถึง 9 วัน 9 คืน (เดิมมีเพียง 5 วันบ้าง และแม้แต่ 3 วันก็ยังเคยปรากฏ)