หมู่บ้านญี่ปุ่นเป็นสถานที่ท่องเที่ยวที่ยอดนิยมอีกแห่งหนึ่ง ปัจจุบันสมาคมไทย - ญี่ปุ่นได้สร้างหุ่นจำลอง นากามาซา ยามาดา และจารึกประวัติศาสตร์ความเป็นมาของหมู่บ้านญี่ปุ่นในสมัยกรุงศรีอยุธยามา ตั้งไว้ภายในหมู่บ้าน
หมู่บ้านญี่ปุ่น ตั้งอยู่ที่ตำบลเกาะเรียน เมื่อปลายคริสต์ศตวรรษที่ 16 ชาวต่างประเทศเข้ามาค้าขายในกรุงศรีอยุธยามีจำนวนมากขึ้น ทางการญี่ปุ่นได้อนุญาตให้ชาวญี่ปุ่นเดินเรือออกไปค้าขายกับชาวต่างชาติ ในบรรดาพวกที่ไปค้าขายมีพวกหนึ่งเดินทางมายังกรุงศรีอยุธยา พระเจ้าแผ่นดินไทยมีพระบรมราชานุญาตให้ชาวญี่ปุ่น มาตั้งหลักแหล่งในกรุงศรีอยุธยารอบนอกเกาะเมืองเหมือนชาติอื่นๆ นับตั้งแต่นั้นมาก็มีชาวญี่ปุ่นเข้ามาอาศัยอยู่ในอยุธยามากขึ้น โดยมีหัวหน้าปกครองในกลุ่มตน หัวหน้าชาวญี่ปุ่นในขณะนั้น คือ นากามาซา ยามาดา เป็นผู้มีอำนาจและเป็นที่โปรดปรานของสมเด็จพระเจ้าทรงธรรม จนได้รับแต่งตั้งเป็นออกญาเสนาภิมุขรับราชการ ต่อมาได้รับแต่งตั้งเป็นเจ้าเมืองนครศรีธรรมราชจนสิ้นชีวิต
ปัจจุบันสมาคมไทย - ญี่ปุ่นได้สร้างหุ่นจำลอง นากามาซา ยามาดา และจารึกประวัติศาสตร์ความเป็นมาของหมู่บ้านญี่ปุ่นในสมัยกรุงศรีอยุธยามา ตั้งไว้ภายในหมู่บ้าน มีอาคารจัดแสดงเรื่องความสัมพันธ์ระหว่างอยุธยากับต่างประเทศ แบ่งออกเป็นอาคาร 9 ส่วน ประกอบด้วยบอร์ดนิทรรศการ การจัดแสดงสิ่งของและวีดีทัศน์ 3 ภาษา เปิดเวลา 08.30 - 16.30 น. ค่าเข้าชมคนไทย 20 บาท