หมู่บ้านโปรตุเกสเป็นสถานที่ท่องเที่ยวที่แนะนำอย่างยิ่ง ตั้งอยู่ที่ตำบลสำเภาล่ม บริเวณริมฝั่งแม่น้ำเจ้าพระยาทางทิศตะวันตก ห่างจากเกาะเมืองพระนครศรีอยุธยาไปทางทิศใต้ประมาณ 3 กิโลเมตร
หมู่บ้านโปรตุเกส ตั้งอยู่ที่ตำบลสำเภาล่ม บริเวณริมฝั่งแม่น้ำเจ้าพระยาทางทิศตะวันตก ห่างจากเกาะเมืองพระนครศรีอยุธยาไปทางทิศใต้ประมาณ 3 กิโลเมตร ชาวโปรตุเกสเป็นชาวยุโรปชาติแรกที่เข้ามาติดต่อค้าขายกับกรุงศรีอยุธยาเมื่อ ปี พ.ศ. 2054 โดยอัลฟองโซ เดอ อัลบูเคอร์ก ผู้สำเร็จราชการของโปรตุเกส ประจำเอเซีย ได้ส่งนายดูอาร์เต้ เฟอร์นันเดส เป็นทูตเข้ามาเจริญสัมพันธไมตรีกับสมเด็จพระรามาธิบดีที่ 2 แห่งกรุงศรีอยุธยา ชาวโปรตุเกสเข้ามาตั้งหลักแหล่งค้าขายและเป็นทหารอาสาในกองทัพกรุงศรีอยุธยา สร้างโบสถ์ขึ้นเพื่อเผยแพร่ศาสนาและเป็นศูนย์กลางของชุมชน
ปัจจุบันบริเวณนี้ยังมีร่องรอยซากสิ่งก่อสร้างปรากฏให้เห็น คือ โบราณสถานซานเปโตร หรือเรียกในสมัยอยุธยาว่า โบสถ์เซนต์โดมินิค เป็นโบสถ์ในคณะโดมินิกัน นับเป็นโบสถ์แห่งแรกที่สร้างขึ้นในแผ่นดินไทยเมื่อปี พ.ศ. 2083 ตั้งอยู่ในบริเวณเกือบกึ่งกลางหมู่บ้านโปรตุเกส มีเนื้อที่ประมาณ 2,400 ตารางเมตร ยาวตามแนวทิศตะวันออกไปตะวันตกหันหน้าสู่แม่น้ำเจ้าพระยา ตัวอาคารแบ่งออกเป็นสามส่วน คือ ส่วนหน้าเป็นสุสาน ของชาวคาทอลิคคณะโดมินิกัน ส่วนกลางใช้ประกอบพิธีทางศาสนาและฝังศพบาทหลวง ส่วนในด้านหลังเและด้านข้างเป็นที่พักอาศัยและมีการขุดค้นพบโบราณวัตถุที่ สำคัญได้แก่ โครงกระดูกมนุษย์ กล้องยาสูบ เหรียญกษาปณ์ เครื่องปั้นดินเผา เครื่องประดับกำไลแก้วและเครื่องประกอบพิธีทางศาสนาเช่น ไม้กางเขน เหรียญรูปเคารพในศาสนา ลูกประคำ
ในส่วนของสุสานได้รับการบูรณะในปี พ.ศ. 2527 มีการขุดแต่งปรับปรุงสถานที่อย่างสวยงาม และสร้างอาคารมีหลังคาคลุมสุสานที่มีโครงการกระดูกจำนวนมากถึง 254 โครง ฝังเรียงรายอย่างเป็นระเบียบและทับซ้อนกันหนาแน่นทั้งภายในและภายนอกอาคาร จากแนวโครงกระดูกที่พบแบ่งขอบเขตสุสานออกเป็น 3 ส่วน ส่วนในสุดกลางตัวอาคารที่เป็นฐานโบสถ์ อาจเป็นโครงกระดูกของบาทหลวงหรือนักบวช ถัดมาส่วนที่สองส่วนนี้อาจเป็นผู้มีฐานะทางสังคมในค่ายโปรตุเกสสูงกว่าคน ธรรมดาทั่วไป ส่วนที่สามนอกแนวฐานโบสถ์มีการฝังซ้อนกันมากถึง 3 - 4 โครง โครงกระดูกเหล่านี้มีทั้งที่อยู่ในสภาพสมบูรณ์และบางส่วนชำรุด จากหลักฐานเอกสารประวัติศาสตร์ กล่าวถึงการเกิดโรคระบาดร้ายแรงในปลายแผ่นดินพระเพทราชา เมื่อปีพ.ศ. 2239 มีผู้คนล้มตายมาก และในปี พ.ศ. 2255 ในสมัยพระเจ้าอยู่หัวท้ายสระก็เกิดโรคระบาดอีกครั้ง มีผู้คนล้มตายมาก อาจเป็นเหตุให้มีการขยายสุสานออกมาจากเดิม