นที่ส่วนใหญ่เป็นเทือกเขาสลับซับซ้อนแนวเขาวางตัวในทิศเหนือ–ใต้เป็นส่วนใหญ่ เป็นส่วนหนึ่งของเทือกเขาตะนาวศรี ความสูงของพื้นที่จากระดับน้ำทะเลประมาณ 100 – 1,000 เมตร ยอดเขาที่สำคัญได้แก่ ยอดเขาบ่องาม
อุทยานแห่งชาติลำคลองงู พื้นที่ส่วนใหญ่เป็นเทือกเขาสลับซับซ้อนแนวเขาวางตัวในทิศเหนือ–ใต้เป็นส่วนใหญ่ เป็นส่วนหนึ่งของเทือกเขาตะนาวศรี ความสูงของพื้นที่จากระดับน้ำทะเลประมาณ 100 – 1,000 เมตร ยอดเขาที่สำคัญได้แก่ ยอดเขาบ่องาม
ภูมิอากาศ เป็นแบบมรสุมเขตร้อน โดยได้รับอิทธิพลจากลมมรสุมตะวันตกเฉียงใต้ในฤดูร้อนและลมมรสุมตะวันออกเฉียงเหนือในฤดูหนาว สภาพพื้นที่เป็นหุบเขาสลับซับซ้อนจึงทำให้มีอากาศร้อนจัดในฤดูร้อน และหนาวจัดในฤดูหนาว แบ่งได้เป็น 3 ฤดูได้แก่ ฤดูร้อน เริ่มตั้งแต่เดือนมีนาคม ถึง เดือนพฤษภาคม ฤดูฝน เริ่มตั้งแต่เดือนมิถุนายน ถึง เดือนตุลาคม ฤดูหนาว เริ่มตั้งแต่เดือนพฤศจิกายน ถึง เดือนกุมภาพันธ์ ลักษณะท้องฟ้าจะมีเมฆมากในราวเดือนมิถุนายน ถึง เดือนกันยายน และมีเมฆน้อยในเดือนพฤศจิกายน ถึงเดือนเมษายน
ถ้ำเสาหิน อยู่บริเวณตอนปลายของลำห้วยคลองงู ซึ่งภายในถ้ำเป็นธารน้ำไหลตลอดปี จุดเด่นที่น่าสนใจก็คือ เสาหินขนาดใหญ่ เกิดจากหินปูนก่อตัวกันมาเป็นเวลานานนับล้านปี ตั้งตระหง่านอยู่ภายในตรงกลางถ้ำมีความสูงจากพื้นถึงเพดานถ้ำวัดได้ประมาณ 61 เมตร จัดได้ว่าเป็นหินปูนที่สูงเท่าที่เคยพบมาในปัจจุบัน (2538) อีกทั้งภายในถ้ำยังมีหินงอกหินย้อยรูปทรงต่างๆ เป็นจำนวนมากจัดว่าเป็นปฏิมากรรมทางธรรมชาติที่งดงามอย่างยิ่ง ทางเข้าชมถ้ำเสาหินเข้าถึงได้โดยทางเรือภายในอ่างเก็บน้ำเขื่อนศรีนครินทร์ ขึ้นที่ท่าแพน้ำโจนบริเวณปากห้วยคลองงูแล้วเดินเท้าต่อประมาณ 6 กิโลเมตร ก็จะถึงบริเวณปากน้ำ ตลอดเส้นทางจะพบน้ำตกเกิดจากลำห้วยคลองงูไหลลดหลั่นกันลงมา บางครั้งอาจพบเห็นสัตว์ป่าลงมากินน้ำอีกด้วย ปัจจุบันมีนักท่องเที่ยวเข้าไปเที่ยวชมอยู่บ้าง โดยเดินทางไปเป็นหมู่คณะและมีแนวโน้มว่าจะมีนักท่องเที่ยวเพิ่มมากขึ้นในอนาคต
ถ้ำนกนางแอ่น เป็นถ้ำขนาดใหญ่มีลำห้วยคลองงูไหลผ่านตลอดเช่นเดียวกับถ้ำเสาหินเป็นที่อาศัยของนกนางแอ่นจำนวนมาก บนเพดานถ้ำมีช่องเปิดหลายแห่ง ผนังถ้ำเต็มไปด้วยผลึกแคลไซด์แวววาว ในถ้ำมีหินงอกลักษณะคล้ายถ้วยเวิลด์คัพขนาดใหญ่ และหินปูนแผ่กว้างเป็นม่านน้ำตกสูงใหญ่หลายสิบเมตร
ถ้ำน้ำตก มีธารน้ำใต้ดินไหลลดหลั่นกันลงมาเกิดเป็นน้ำตกที่สวยงามถึง 17 ชั้น อีกทั้งมีหินงอกหินย้อยที่เป็นแคลไซต์บริสุทธิ์มีสีขาวใส เมื่อต้องแสงไฟจะมีแสงระยิบระยับ และยังมีภาพเขียนผนังถ้ำเป็นลักษณะภาพคนและสัตว์เขียนด้วยถ่านบนผนังหินทรายสีขาวประมาณ 30 ภาพ
ถ้ำใหญ่ เป็นถ้ำขนาดใหญ่ที่สุดของอุทยานแห่งชาติลำคลองงู ภายในถ้ำมีสันทรายเป็นบริเวณกว้างมีธารน้ำจากพื้นและผนังไหลอ้อมสันทรายเป็นระยะทางประมาณ 200 เมตร
น้ำตกนางครวญ มีต้นกำเนิดจากห้วย 2 สาย คือ ห้วยทองผาภูมิ ไหลมาจากเขาแปดร้อย และห้วยชะอี้รวมเป็นห้วยใหญ่ไหลลงสู่หุบเขาเกิดเป็นน้ำตกที่สวยงาม น้ำตกนางครวญมีทั้งหมด 4 ชั้น ชั้นที่สวยที่สุดคือ ชั้นที่ 3 สายน้ำไหลตกมาจากหน้าผาสูง 30 เมตร ลงสู่แอ่งน้ำกว้างซึ่งสามารถลงเล่นน้ำได้ บริเวณรอบน้ำตกเป็นป่าดงดิบ มีโอกาสพบเห็นนกหลายชนิด เช่น นกขุนแผน นกเงือก เป็นต้น นอกจากนี้ ที่ทำการสำนักงานอุทยานแห่งชาติลำคลองงู ยังตั้งอยู่บริเวณนี้ด้วย นักท่องเที่ยวที่มีความประสงค์จะเดินทางไปท่องเที่ยวที่อุทยานฯ ควรมาเดินทางมาที่ที่ทำการอุทยานฯ เพื่อรับข้อมูล ข่าวสาร และคำแนะนำในการท่องเที่ยวจากเจ้าหน้าที่อุทยานฯ เป็นลำดับแรกก่อน จะได้ท่องเที่ยวอย่างถูกวิธี ได้รับความรู้ ความเพลิดเพลิน และเกิดความปลอดภัยในชีวิตและทรัพย์สินของนักท่องเที่ยวเอง
น้ำตกคลีตี้ เป็นน้ำตกที่เป็นเขาหินปูนน้ำจึงใสและเย็น ซึ่งเป็นน้ำตกที่มีความสวยงามเฉพาะตัว ชั้นที่มีความสูงที่สุดประมาณ 20 เมตร บางช่วงเป็นอ่างขนาดใหญ่กว้างประมาณ 50 เมตร ความยาวตลอดตัวน้ำตก ประมาณ 800 เมตร มีน้ำไหลตลอดปี