จากโบสถ์ไม้หลังแรกเมื่อ 100 ปี ได้มีการปรับปรุงพัฒนาเรื่อยมาเนื่องจากอายุการใช้งานของไม้ย่อมผุพังไปตามอายุ โบสถ์คริสไม้หลังใหม่ เริ่มก่อสร้างในปี 2490 ได้ปรับปรุงให้มีช่องแสงประดับกระจกสีสวยงาม จนเสร็จสมบูรณ์และกระทำพิธีเสกวัดเมื่อปี พ.ศ.2497
โบสถ์คริสต์บ้างซ่งแย้ จังหวัดยโสธร พลังแห่งศรัทธาอันแรงกล้าของคริสต์ชน ที่ได้ลงแรงร่วมกันสร้างโบสถ์ไม้ขนาดใหญ่ด้วยเสาไม้ถึง 336 ต้น และแป้นไม้มุงหลังหว่า 8 หมื่นแผ่น เป็นศาสนาสถานที่สามารถบรรจุคนได้มากกว่า 500 คน โบสถ์แห่งนี้ถือเป็นโบสถ์คริสต์นิกายโรมันคาทอลิกที่สร้างขึ้นด้วยไม้ที่ใหญ่ที่สุดในประเทศไทย โดยตัวโบสถ์เป็นอาคารทรงหน้าจั่วแบบไทยประดับด้วยไม้กางเขนเบื้องบน เรียบง่าย แต่ดูสงบงดงาม
ประวัติความเป็นมาเริ่มจาก ที่บ้านซ่งแย้ มีชาวบ้าน 5 ครอบครัวที่มาจากคนละทิศคนละทาง ได้อพยพเข้ามาอยู่ใหม่กับชาวบ้านที่อยู่ดั้งเดิม อยู่กันได้สักระยะหนึ่งก็ถูกกล่าวหาว่าเป็นครอบครัวผีปลอบ ถูกชาวบ้านกุ้มรุมทำร้ายและระดมขับไล่ออกจากหมู่บ้าน ทำให้กลุ่ม 5 ครอบครัวเดือดร้อนอับจนหนทาง จึงเดินทางไปหาบาทหลวงฝรั่งเศส “เดชาแนล” และ ออมโบรซีโอ” ที่บ้านเซซ่ง ต.เชียงเพ็ง อ.ป่าติ้ว จ.ยโสธร ให้มาช่วยขับไล่ผีปลอบที่สิงอยู่กับตนและครอบครัว ซึ่งบาทหลวงทั้งคู่ก็หาวิธีการมาช่วยขับไล่ผีปลอบให้แก่ชาวบ้านจนเหตุการณ์สงบลง ทั้ง 5 ครอบครัวจึงเข้ารีตเป็นคริสเตียนนิกายโรมันคาทอลิค ต่อมาหมู่บ้านแห่งนี้จึงกลายเป็นประชาคมชาวคริสต์
บาทหลวงทั้ง 2 จึงได้สร้างวัดหนองซ่งแย้ขึ้นมา ในปี พ.ศ. 2452 โดยใช้ชื่ออย่างเป็นทางการในภาษาลาตินว่า “วัดอัครเทวดามิคาแอล” ซึ่งเป็นชื่อของนักบุญคนสำคัญ โดยมีบาทหลวงเดชาแนลเป็นอธิการโบสถ์คนแรก
เดิมวัดซ่งแย้เป็นเพียงกระต๊อบเล็กๆฝาขัดแตะแต่ต่อมาวัดแห่งนี้ได้มีการพัฒนาขึ้นมาเป็นลำดับโดยโบสถ์คริสต์รุ่นปัจจุบันเป็นโบสถ์หลังที่ 3 ที่มีความน่าสนใจหลายอย่างไล่ไปตั้งแต่เริ่มลงมือก่อสร้างในปี พ.ศ. 2490 โดยชาวบ้านแถวนั้นได้ร่วมแรงร่วมใจกันตัดไม้ที่อยู่ในป่าละแวกหมู่บ้านไม่ว่าจะเป็น ไม้เต็ง ไม้รัง ไม้สัก ไม้จิก ชักลากลำเลียงออกมาจากป่าโดยมีหัวหน้าช่างจากจังหวัดอุบลราชธานีมาเป็นผู้คุมงาน
จากโบสถ์ไม้หลังแรกเมื่อ 100 ปี ได้มีการปรับปรุงพัฒนาเรื่อยมาเนื่องจากอายุการใช้งานของไม้ย่อมผุพังไปตามอายุ โบสถ์คริสไม้หลังใหม่ เริ่มก่อสร้างในปี 2490 ได้ปรับปรุงให้มีช่องแสงประดับกระจกสีสวยงาม จนเสร็จสมบูรณ์และกระทำพิธีเสกวัดเอปี พ.ศ.2497 จนปัจจุบันยังคงมีความโดดเด่นสวยงามแปลกตา เนื่องจากเป็นโบสถ์คริสต์ที่สร้างด้วยไม้ล้วนๆ ด้วยความที่โบสถ์วัดซ่งแย้มีความน่าสนใจหลายประการ ทาง ททท.จึงจัดให้โบสถ์วัดซ่งแย้ เป็นสถานที่ท่องเที่ยว “UNSEEN in THAILAND” ประเภทมุมมองใหม่สิ่งศักดิ์สิทธิ์ ทุกวันและวัดหยุดราชการจึงมีคนเดินทางไปเที่ยวชมความงามที่น่าสนใจของโบสถ์วัดซ่งแย้มิได้ขาด
จัดงานพิธีสมรสหมู่ตามแบบคาทอลิก ในวันที่ 14 กุมภาพันธ์ (วันวาเลนไทน์) เป็นประจำทุกปี
จากยโสธรใช้ทางหลวงหมายเลข 2169 เลยอำเภอกุดชุมไปประมาณ 7-8 กิโลเมตร เลี้ยวซ้ายเข้าไปอีกราว 600 เมตร ถึงบริเวณโรงเรียนซ่งแย้พิทยาและโบสถ์ซึ่งอยู่บริเวณเดียวกัน