อุทยานแห่งชาติหาดนพรัตน์ธารา-หมู่เกาะพีพีเป็นสถานที่ท่องเที่ยวที่ยอดนิยมอีกแห่งหนึ่งในจังหวัดกระบี่ ตั้งอยู่ในท้องที่อำเภอเมือง จังหวัดกระบี่ ครอบคลุมพื้นที่ส่วนใหญ่ในทะเลอันดามัน ด้านทิศตะวันตกของภาคใต้ เป็นอุทยานแห่งชาติทางทะเลที่สวยงาม
ตั้งอยู่ในท้องที่อำเภอเมือง จังหวัดกระบี่ ครอบคลุมพื้นที่ส่วนใหญ่ในทะเลอันดามัน ด้านทิศตะวันตกของภาคใต้ เป็นสถานที่ท่องเที่ยวทางทะเลที่สวยงามตามธรรมชาติ รอบๆ เกาะมีปะการัง กัลปังหา ทิวทัศน์ใต้ทะเลที่งดงาม และเอกลักษณ์ทางธรรมชาติ คือ ภูเขาหินปูนที่มีหน้าผาเป็นชั้นๆ ถ้ำที่สวยงาม ตลอดจนชายหาดยาวสะอาด สุสานหอย มีเนื้อที่ทั้งหมดประมาณ 242,437.17 ไร่ หรือ 387.90 ตารางกิโลเมตร
ตามมติที่ประชุมคณะรัฐมนตรีเมื่อวันที่ 26 มกราคม 2520 ให้จังหวัดภูเก็ต เป็นจังหวัดที่รัฐบาลพัฒนาให้เป็นเมืองท่องเที่ยว มีทิวทัศน์ธรรมชาติที่สวยงามหลายแห่ง สมควรอนุรักษ์ไว้เป็นแหล่งท่องเที่ยวถาวรต่อไป กองอุทยานแห่งชาติ จึงเสนอกรมป่าไม้ให้มีคำสั่งที่ 1261/2523 ลงวันที่ 7 กรกฎาคม 2523 ให้ นายสันติ สีกุหลาบ นักวิชาการป่าไม้ 4 ไปทำการสำรวจพื้นที่ เพื่อจัดตั้งอุทยานแห่งชาติทางทะเล ในท้องที่จังหวัดภูเก็ตและติดต่อจังหวัดใกล้เคียง ซึ่งจากการรายงานการสำรวจปรากฏว่า พื้นที่บริเวณเกาะพีพี และหมู่เกาะใกล้เคียง ระหว่างจังหวัดภูเก็ตและกระบี่ มีความเหมาะสมที่จะจัดเป็นอุทยานแห่งชาติ ตามหนังสือรายงานผลการสำรวจลงวันที่ 11 กุมภาพันธ์ 2524 และป่าไม้เขตนครศรีธรรมราชได้มีหนังสือที่ กส.0709(นศ)/269 ลงวันที่ 19 มกราคม 2525 แจ้งว่า ป่าบริเวณหาดนพรัตน์ธาราและหมู่เกาะใกล้เคียง รวมถึงหมู่เกาะพีพีในท้องที่อำเภอเมือง จังหวัดกระบี่ มีทิวทัศน์ และธรรมชาติสวยงาม เห็นสมควรจัดเป็นอุทยานแห่งชาติอีกแห่งหนึ่ง
กรมป่าไม้จึงมีคำสั่งที่ 524/2525 ลงวันที่ 14 เมษายน 2525 ให้ นายสมจิตร สภาวรัตน์ภิญโญ นักวิชาการป่าไม้ 4 ไปทำการสำรวจ และจัดตั้งบริเวณหมู่เกาะพีพี และป่าบริเวณหาดนพรัตน์ธารา ท้องที่อำเภอเมือง จังหวัดกระบี่ เป็นอุทยานแห่งชาติ และกองอุทยานแห่งชาติเห็นสมควร ทำการสำรวจบริเวณสุสานหอย 75 ล้านปี ท้องที่อำเภอเมือง จังหวัดกระบี่ อีกแห่งหนึ่งเป็นอุทยานแห่งชาติแห่งเดียวกัน ผลการสำรวจตามหนังสือรายงาน ลงวันที่ 27 พฤษภาคม 2525 สรุปได้ว่า พื้นที่ตามแหล่งต่างๆ มีความสวยงามเป็นพิเศษ มีลักษณะเด่นหลายแห่ง มีทิวทัศน์ทางทะเลสวยงาม เป็นแหล่งท่องเที่ยวพักผ่อนของประชาชนทั้งชาวไทย และชาวต่างประเทศ
กองอุทยานแห่งชาติจึงได้นำเสนอคณะกรรมการอุทยานแห่งชาติ และมีมติเห็นชอบเมื่อ 15 มิถุนายน 2525 ในการประชุมครั้งที่ 1/2525 โดยได้มีพระราชกฤษฎีกากำหนดบริเวณที่ดินสุสานหอย 75 ล้านปี หาดนพรัตน์ธารา หมู่เกาะพีพี และเกาะใกล้เคียง ในท้องที่ตำบลหนองทะเล ตำบลอ่าวนาง ตำบลไสไทย และตำบลปากน้ำ อำเภอเมืองกระบี่ จังหวัดกระบี่ เนื้อที่ประมาณ 243,725 ไร่ หรือ 389.96 กิโลเมตร เป็นอุทยานแห่งชาติ ซึ่งประกาศไว้ในราชกิจจานุเบกษา เล่ม 100 ตอนที่ 160 ลงวันที่ 6 ตุลาคม พ.ศ. 2526 นับเป็นอุทยานแห่งชาติลำดับที่ 47 ของประเทศไทย
ต่อมาได้ดำเนินการผนวกพื้นที่บริเวณสุสานหอย และเกาะใกล้เคียง เพิ่มจำนวน 12.17 ไร่ หรือ 0.02 ตารางกิโลเมตร ตามพระราชกฤษฎีกา เล่ม 113 ตอนที่ 65 ก ลงวันที่ 22 พฤศจิกายน 2539 และต่อมาได้เพิกถอนพื้นที่บางส่วนในบริเวณเขาหางนาค ในท้องที่ตำบลหนองทะเล อำเภอเมือง จังหวัดกระบี่ พื้นที่ 1,300 ไร่ หรือ 2.08 ตารางกิโลเมตร เพื่อใช้ในราชการกองทัพเรือ ตามพระราชกฤษฎีกา เล่ม 115 ตอนที่ 72ก ลงวันที่ 13 ตุลาคม 2541 คงเหลือพื้นที่ทั้งหมด 387.90 ตารางกิโลเมตร